海藻的内部构造比较简单，固着器、柄和钟片的基本构造都是分为:表皮、皮层和髓部三个部分。表皮是由最外一层细胞组成的。细胞比较小，排列整齐而紧密，其内含有数个小椭圆形色素体，含有叶绿素、叶黄素、胡萝卜素和藻渴素，能进行光合作用制造有机物来营养和建造白己，因而这一层又称为光合同化层。

皮层是介于表皮和谧部之间的组织，由方形或长方形的薄壁细胞组成，自表皮何内，细胞逐渐加大。接近表皮的为外皮层，接近im部的为内皮层‘外皮层的细胞壁薄，排列不整齐，内皮层的细胞壁厚，排列整齐。皮层组织的细胞层数，主要决定于生长的好抓。

皮屋是海藻的储存营养的组织。在外皮层分布有特殊的粘液腔。粘液腔为囊状的空腔，腔底有一些个体较小、内合物丰富的粘液分泌细胞，把粘液分泌到腔囊内，再通过粘液控道分布于藻体表面。海藻的髓部是由许多横生或斜生的组体相连而成，称为髓丝。有些髓丝细胞顶端膨大成喇叭形，称为喇叭丝。髓丝和喇叭丝是海藻体内的输导组织。