随着工业的发展和废弃物的处理不善，海洋，尤共是近岸带，逐渐被污染，从而影响了海藻的生长，长期以来，人类就直接或间接地把海洋作为处理废弃物的场所，但并没有发现污染，污染只是本世纪的事，原来海洋有“自净作用”的能力，废弃物经过稀释、氧化还原作用、生物化学作用等，渐渐分解犷化，变有害为有利，但是海洋的“自净作用”是有限的，如果处理废弃物的量超过了海洋自净能力，它就要被污染，海洋污染主要有重金属污染、有机物和营养盐污染、石油和农药污染、放射污染和热污染等，这些污染对海藻生活都能产生影响，但各个作用是不一样的，各种海藻对污染的反应能力也是不一样的，通常金属元素对海藻的影响表现为，低浓度时作为微量营养物质，高浓度时则有毒，能使海藻致病、致死，也有些金属元素，特别是重金属元素，只有抑制生长的作用，而无促进生长的能力，海藻对金属元素的吸收是有选择性的，富集的能力能达百倍至万倍，有机物的作用比较复杂，有时直接作为营养供藻体使用，有时分解为无机氮、磷营养物，有时则作为有毒物质存在，在供作营养:时，如果过度肥沃，促使某些藻类大量繁殖，最终死亡，会造成严重污染，有机物质在分解过程中还大量的消耗氧气，也能使藻类不能生长。

目前海区污染使原来很好的养殖区无法利用的事例是很多的，在这些海区生产出来的海藻，体内都富集有大量有毒物质，使人不能食用，如果食用就易造成严重后果，因此，我们判定某一海区是否已被污染，绝不能用海藻是否发病来衡量，现在很多国家都制定了渔业用水的水质标准和水产品所含污染物的限制标准，我国也制定了标准，并在全国试行，我们应该坚决按照国家公布的渔业月水水质标准和水产品所含有害物的限量标准，来生产海藻和其他海洋生物，确保人民身体健康。